Luonnonmukaisessa peruskuivatuksessa on kysymys varsinaiseen vesiuomaan tehtävistä vesienhoidollisista toimenpiteistä. Luonnonmukaisia peruskuivatusmenetelmillä turvataan uomien vedenjohtokyky ja parannetaan veden laatua. Monimuotoinen kaksitasouoma tulvatasanteineen pidättää veden mukana kulkeutuvaa kiintoainetta paremmin kuin suora uoma. Luonnonmukaisia menetelmiä voidaan käyttää sekä laajamittaisissa uoman peruskorjaushankkeissa että pienemmissä kunnossapitoperkauksissa. Luonnonmukaisen peruskuivatuksen hyödyt ovat moninaiset.
Luonnonmukaisen peruskuivatuksen kautta voidaan vähentää alapuolisen vesistön liettymistä kun varsinaiset perkaustoimenpiteet ovat kevyempiä ja toimenpiteen yhteydessä tehdään kiintoaineelle ja ravinteille paikkoja laskeutua. Luonnonmukaiset menetelmät luovat edellytyksiä uoman luontaiselle kehittymiselle. Tätä kautta kunnossapitotarve ja -kustannukset vähentyvät. Luonnonmukaisen peruskuivatuksen keinoin voidaan luoda myös elinpaikkoja erilaisille eliölajeille kuten kaloille ja ravuille. Menetelmillä on vaikutuksia myös maisemaan.
Luonnonmukaisen peruskuivatuksen menetelmiä ovat tulvatasanne ja alivesiuoma, luiskien loiventaminen ja toispuoleinen kaivuu, vesikasvillisuuden niitto ja penkkojen raivaus, rantapuuston ja luiskien kasvillisuuden säilyttäminen, luonnonmukaiset eroosiosuojaukset, pohjapadot ja -kynnykset, laskeutusaltaat, lietekuopat ja -taskut, monivaikutteiset kosteikot ja tulva-alueiden palauttaminen sekä suojakaistat ja -vyöhykkeet.
.
